تم تفعيل وكالة الجامعة للشؤون التعليمية في جامعة نجران بموجب قرار مجلس التعليم العالي رقم (7/ 74 /1434) في جلسته الرابعة والسبعين بتاريخ 9/11/1434ه القاضي بتعيين وكيل للشؤون التعليمية بالجامعة. 
وتتبع لوكالة الجامعة للشؤون التعليمية بشكل مباشر، كافة كليات الجامعية متمثلة في (كلية الطب– كلية العلوم الطبية التطبيقية – كلية طب الأسنان- كلية الصيدلة- كلية التمريض- كلية الهندسة– كلية علوم الحاسب ونظم المعلومات– كلية العلوم الادارية– كلية الشريعة وأصول الدين – كلية العلوم والآداب بنجران – كلية العلوم والآداب بشروره – الكلية التطبيقية – كلية اللغات والترجمة-كلية التربية) 
كما يرتبط بالوكالة كذلك عدد من العمادات المساندة ذات العلاقة، متمثلة في: (عمادة السنة التحضيرية - عمادة القبول والتسجيل –عمادة شؤون الطلاب – عمادة التعليم الالكتروني والتعلم عن بُعد) , هذا بالإضافة, للمستشفى الجامعي، وعددٍ من الوحدات واللجان المنظمة للعمل.